对于三岁的第三代助孕宝宝咳嗽，需要在医生的指导下服用药物。常见用于治疗三岁第三代助孕宝宝咳嗽的药物包括：

祛痰药：如氨溴索、羧甲司坦、乙酰半胱氨酸，能稀释呼吸道分泌物，促进痰液排出。

止咳药：如右美沙芬、可待因，能抑制咳嗽中枢，缓解咳嗽症状。需要注意的是，三岁以下儿童不建议使用含可待因的止咳药。

抗组胺药：如氯雷他定、西替利嗪，能阻断组胺的作用，减轻鼻塞、流鼻涕等过敏性咳嗽症状。

化痰镇咳药：如复方甘草片、养阴清肺丸，具有化痰、止咳、润肺的功效。